Останні 12ть - він поєднував церковну кар'єру та викладання у богословської академії. У 2010-му став її проректором. Рішення стати священиком Сергій Думенко прийняв ще в школі. На відмінно закінчив духовну семінарію та Київську православну богословську академію.